Program Asrama
Selain belajar di sekolah masing-masing, siswa-siswi Rumah Anak Madani -lebih banyak- menghabiskan waktu di dalam asrama. Asrama bagaikan rumah bagi mereka, tempat untuk berteduh, belajar, beristirahat, bercengkrama dengan abi dan ummi, bermain dan berbagi cerita dengan sesama teman. Bahkan lebih dari itu, asrama bagaikan sebuah masyarakat kecil, yang mempunyai norma dan peraturan baik tertulis maupun tidak tertulis.
Rumah Anak Madani memiliki 8 buah asrama yang masing-masing mempunyai 12 kamar, 4 asrama yaitu Sakura, Kenanga, Ashoka dan Flamboyan digunakan untuk asrama putra, 3 asrama yaitu Melati, Mawar dan Teratai digunakan untuk asrama putri sedangkan 1 asrama lagi yaitu Anggrek digunakan sebagai pusat kegiatan ekstrakurikuler siswa seperti ruang kelas pelajaran tambahan, perpustakaan, calon laboratorium komputer dan lain sebagainya.
Kepengurusan Asrama

Minggu bersih
Dalam setiap asrama, siswa-siswi ditempatkan dalam kamar-kamar yang masing-masing berisikan 7 sampai 9 orang. Masing-masing kamar mempunyai seorang ketua yang bertugas mengatur anggotanya. Ketua kamar membuat jadwal piket yang bertugas membersihkan lantai kamar, sedangkan kerapian lemari dan tempat tidur adalah tanggung jawab masing-masing siswa. Kamar siswa merupakan organisasi terkecil di Rumah Anak Madani. Masing-masing asrama mempunyai pengurus yang diangkat oleh Bidang Pengasuhan dari kelas tertinggi. Mereka bertugas membantu wali asrama (abi atau ummi) dalam mengatur siswa-siswi di setiap kegiatan asrama.Hal ini dimaksudkan sebagai media pembelajaran leadership kepada siswa-siswi untuk menjadi seorang pemimpin kelak di masyarakat.
Organisasi pengurus asrama terdiri dari ketua, bagian keamanan, bagian bahasa dan bagian kesehatan. Ketua bertanggung jawab atas kelancaran program kerja setiap bagian. Bagian keamanan bertugas menegakkan disiplin siswa-siswi di tingkat asrama; menegur anggota yang berbuat gaduh ketika jam istirahat, anggota yang mengeluarkan baju, tidak memakai papan nama, membuang sampah tidak pada tempatnya, menggerakkan anggota supaya bersegera dalam setiap kegiatan dan lain sebagainya. Bagian bahasa bertugas menegur anggota yang tidak berbahasa resmi dan mengatur anggota ketika pemberian kosa kata bahasa asing dan morning conversation. Bagian kesehatan bertugas menyediakan obat-obatan P3K di asrama dan membawa anggota yang sakit ke poliklinik.
Untuk menjaga kebersihan dan kerapian asrama, pengurus asrama membuat jadwal piket asrama. Setiap hari ada 6 sampai 9 orang piket. Mereka bertugas menyapu dan mengepel lantai, membersihkan WC dan kamar mandi, membersihkan taman sekeliling asrama dan mengambil air minum. Mereka melaksanakan tugasnya pada pagi hari sebelum berangkat ke sekolah, dan sore hari sebelum sembahyang.
Program Pengasuhan Asrama

Story reading di perpustakaan
Selain dididik kedisiplinan dan kemandirian, di dalam asrama siswa-siswi juga dipantau perkembangannya, tidak hanya perkembangan akademik namun juga perkembangan psikisnya. Keberadaan pengasuh di setiap asrama lah yang bertanggung jawab atas hal ini. Dalam setiap asrama terdapat tiga orang pengasuh, masing-masing memantau perkembangan enam belas anak asuhnya. Pengasuh bertanggung jawab mengetahui keadaan siswa-siswi yang diasuhnya, membimbing siswa-siswi dalam setiap kegiatan, bertanggung jawab atas perkembangan keilmuan, fisik dan mental siswa/i, memberikan konsultasi kepada siswa/i berkaitan dengan masalah belajar dan psikis, membuat laporan perkembangan psikologi siswa/i setiap 1 bln sekali.


